潰瘍性結腸炎確切病因還不明確。目前關于本病的病因學有以下幾個學說。

　　1.感染學說 已經(jīng)證明某些細菌和病毒在潰瘍性結腸炎的發(fā)病過程中起重要作用。因本病的病理變化和臨床表現(xiàn)與細菌痢疾非常相似，某些病例糞便中培養(yǎng)出細菌，部分病例應用抗生素治療有效，似乎提示細菌性感染與本病有關。1973年Fakmer從6例潰瘍性結腸炎中培養(yǎng)出巨細胞病毒(cytomegalovirus，CMV)，1977年Cooper也從中毒性結腸擴張病人體內分離出巨細胞病毒。近年來的有些研究發(fā)現(xiàn)結核分枝桿菌(mycobacterium paratuberculosis)、副黏液病毒(麻疹病毒paramyxovirus)、單核細胞增多性利斯特菌(Listeria moncytogenes)等也可能與潰瘍性結腸炎及克羅恩病的發(fā)病有關。因此提出某些細菌或病毒可能在潰瘍性結腸炎的發(fā)病過程中起重要作用。但究竟哪種病原體感染引起本病，感染性病原體是本病的原因還是結果還需要進一步的研究才能確定。

　　2.免疫學因素 持此觀點的人認為自身免疫介導的組織損傷是潰瘍性結腸炎發(fā)病的重要因素之一。有作者發(fā)現(xiàn)某些侵犯腸壁的病原體(如大腸桿菌等)與人體大腸上皮細胞存在著交叉抗原，當機體感染這些病原體以后，循環(huán)中的自身抗體不僅與腸壁內的病原體作用也同時殺傷了自身的上皮細胞。近年來從潰瘍性結腸炎患者結腸上皮內發(fā)現(xiàn)了一種40KD的抗原，可在激活機體產生抗結腸上皮抗體的同時也激活結腸上皮表面的補體及抗原抗體復合物。潰瘍性結腸炎患者的免疫淋巴細胞和巨噬細胞被激活后，可釋放出多種細胞因子和血管活性物質，促進并加重組織的炎癥反應。有報告CD95(TNF類)所介導的結腸上皮細胞凋亡在潰瘍性結腸炎的發(fā)病機制中的作用。發(fā)現(xiàn)在潰瘍性結腸炎患者結腸炎癥區(qū)域及其相鄰的非炎癥區(qū)域均發(fā)生了CD95-CD95L所介導的細胞凋亡，推論其可能是潰瘍性結腸炎蔓延的可能原因之一。

　　此外，近年來也有報告指出，機體循環(huán)中的抗體和T淋巴細胞與潰瘍性結腸炎患者腸上皮細胞內的熱休克蛋白(heat shock protein，HSP)相作用，產生了腸上皮的損傷。在潰瘍性結腸炎患者有關T、B淋巴細胞計數(shù)測定結果、血白細胞、巨噬細胞及淋巴細胞轉化率測定結果均提示本病與細胞免疫學方面的改變有關。

　　3.遺傳因素 一些資料表明，潰瘍性結腸炎與遺傳因素密切相關。種族差異表現(xiàn)在白種人的發(fā)病率明顯高于黑種人，亞洲人的發(fā)病率最低。其中白種人的猶太人發(fā)病率比非猶太人高2～4倍，而在有色人種大約少50%。單卵雙生雙胞胎發(fā)病率比雙卵雙生者高。同時有作者報告在潰瘍性結腸炎患者的組織相關抗原HLA-DR2較正常人增多。日本學者近來報告在潰瘍性結腸炎患者體內發(fā)現(xiàn)了與之有關的特異基因表現(xiàn)型P-ANCA(peinuclear antineutrophil cytoplasmic antibody)明顯高于正常人群。

　　4.精神因素 精神因素在潰瘍性結腸炎發(fā)病中的作用可能與精神障礙引起自主神經(jīng)功能失調，導致腸壁炎癥及潰瘍形成有關。但有作者將潰瘍性結腸炎患者與正常人群進行對照研究發(fā)現(xiàn)在疾病發(fā)作時并沒有明顯的精神誘因。相反，因潰瘍性結腸炎而行結腸切除術后，病人原有的精神上的病態(tài)如抑郁癥、焦慮、緊張多疑等癥狀有顯著改善。似乎說明精神因素不是引起本病的原因，更像是本病引起的后果。