圓錐角膜的確切病因不明，目前存在的說法：

　　一、遺傳說認(rèn)為圓錐角膜屬于隱性遺傳，但也有些病例可連續(xù)二代或三代出現(xiàn)癥狀，對這樣的病例，應(yīng)考慮是規(guī)律或不規(guī)律的顯性遺傳。

　　這種理論的擁護(hù)者提出，圓錐角膜常合并其他先天異常，也是此病包含有遺傳因素后個佐證。如視網(wǎng)膜色素變性、藍(lán)色鞏膜、無虹膜、虹膜裂、馬凡氏綜合征、前極白內(nèi)障、角膜營養(yǎng)不良、先天愚型等。

　　二、間質(zhì)發(fā)育障礙說此病是由于角膜中央部分抵抗力下降，堅韌茺差，不能抵抗正常的眼內(nèi)壓所造成的。圓錐角膜不僅僅改變角膜的彎曲度，鞏膜也有明顯的改變。因此他提出，圓錐角膜的病因還應(yīng)從間質(zhì)發(fā)育不全上去找。

　　三、內(nèi)分泌紊亂說甲狀腺機能減退是發(fā)生圓錐角膜的一個重要因素，特別強調(diào)過胸腺在圓錐角膜發(fā)生上的作用。

　　四、代謝紊亂說檢查了圓錐角膜患者血液內(nèi)微量元素的改變，發(fā)現(xiàn)鎳的含量明顯下降，鈦、鋁和鉛的含量上升，而錳的含量沒有變化，他確信血液內(nèi)微量元素的改變，對疾病的發(fā)生起著一定的作用。還發(fā)現(xiàn)在圓錐角膜患者的血液和前房水中，6-磷酸葡萄糖脫氫酶的活性下降，很明顯這種酶活性的下降會造成谷胱甘肽抗氧化作用機能的不全，引起過氧化物在體內(nèi)的堆積，而這種過氧化物可能就是損害角膜的因子。

　　五、過敏反應(yīng)說在圓錐角膜病人中，有32.6%患者過干草熱，有33.3%的過哮喘，而哮喘在一般居民中的發(fā)病率僅占0.59%。