首先應重視對該病的預防。人的包囊蟲病多經(jīng)狗傳染，應控制養(yǎng)狗。加強牲畜管理，嚴防狗食染有包囊蟲病的生牛、羊、馬肉。注意個人衛(wèi)生，不飲用生水、生乳，尤其在牧區(qū)。
骨包蟲病的治療方法主要是切除病骨。但有時難以將全部的病變骨徹底切除時，可采用刮除植骨的手術的方法。即徹底清除病灶后，腔內用20%的石炭酸甘油涂擦腔壁，10分鐘后再用90%酒清擦洗滅活，然后用生理鹽水反復沖洗骨腔再植入碎骨片。但手術中要特別注意防止子囊的擴散及囊液外流引起過敏性休克的危險。病灶刮除后，留置引流管，每日滴注20%～30%的高滲氯化鈉溶液，可以殺死頭節(jié)，效果良好。
晚期病變廣泛的患者，難于局部切除或刮除者，可考慮做關節(jié)離斷術或截斷術，但骨病變較長而軟組織尚無廣泛受侵時可做假體置換術。脊柱受侵時應及時早期清除病灶并植骨。合并截癱時則應徹底清除病灶并做脊髓減壓及應用器械內固定術，做植骨融合。