流感病毒變異有抗原性變異、溫度敏感性變異、宿主范圍以及對非特異性抑制物敏感性等方面的變異，但最主要的是抗原性變異。抗原性變異與其他病毒不同，特點是表面抗原HA和NA易變異。變異有兩種形式，即抗原性轉變和抗原性漂移。

流感病毒表面抗原變異幅度的大小，直接影響到流感規(guī)模。若變異幅度小，屬于量變，稱為抗原漂移，產生病毒的信株，可引起中小型流行。如果抗原變異幅度大，屬于質變，稱為抗原性轉變，形成新的亞型，此時人群普遍缺乏對它的免疫力，往往引起較大的流行，甚至世界性流行。

如甲型流感病毒的HA，NA容易發(fā)生抗原轉變，構成HA，NA的大部分或全部氨基酸均可發(fā)生改變，出現抗原性完全不同的新亞型。變異由量變累為質變。當新的流感病毒亞型出現時，人群普遍對其缺乏免疫力，因此容易引起大流行。

在感染人類的三種流感病毒中，甲型流感病毒有著極強的變異性，乙型次之，而丙型流感病毒的抗原性非常穩(wěn)定。

乙型流感病毒的變異會產生新的主流毒株，但是新毒株與舊毒株之間存在交叉免疫，即針對舊毒株的免疫反應對新毒株依然有效。

甲型流感病毒是變異最為頻繁的一個類型，每隔十幾年就會發(fā)生一個抗原性大變異，產生一個新的毒株，這種變化稱作抗原轉變亦稱抗原的質變；在甲型流感亞型內還會發(fā)生抗原的小變異，其表現形式主要是抗原氨基酸序列的點突變，稱作抗原漂移亦稱抗原的量變?？乖D變可能是血凝素抗原和神經氨酸酶抗原同時轉變，稱作大族變異；也可能僅是血凝素抗原變異，而神經氨酸酶抗原則不發(fā)生變化或僅發(fā)生小變異，稱作亞型變異。

對于甲型流感病毒的變異性，學術界尚無統(tǒng)一認識，一些學者認為，是由于人群中傳播的甲型流感病毒面臨較大的免疫壓力，促使病毒核酸不斷發(fā)生突變。另一些學者認為，是由于人甲型流感病毒和禽流感病毒同時感染豬后發(fā)生基因重組導致病毒的變異。后一派學者的觀點得到一些事實的支持，實驗室工作顯示，1957年流行的亞洲流感病毒(H2N2)基因的八個節(jié)段中中有三個是來自鴨流感病毒，而其余五個節(jié)段則來自H1N1人流感病毒。

甲型流感病毒的高變異性增大了人們應對流行性感冒的難度，人們無法準確預測即將流行的病毒亞型，便不能有針對性地進行預防性疫苗接種，另一方面，每隔十數年便會發(fā)生地抗原轉變更會產生根本就沒有疫苗的流感新毒株。

時轉變，稱作大族變異；也可能僅是血凝素抗原變異，而神經氨酸酶抗原則不發(fā)生變化或僅發(fā)生小變異，稱作亞型變異。

對于甲型流感病毒的變異性，學術界尚無統(tǒng)一認識，一些學者認為，是由于人群中傳播的甲型流感病毒面臨較大的免疫壓力，促使病毒核酸不斷發(fā)生突變。另一些學者認為，是由于人甲型流感病毒和禽流感病毒同時感染豬后發(fā)生基因重組導致病毒的變異。后一派學者的觀點得到一些事實的支持，實驗室工作顯示，1957年流行的亞洲流感病毒(H2N2)基因的八個節(jié)段中中有三個是來自鴨流感病毒，而其余五個節(jié)段則來自H1N1人流感病毒。

甲型流感病毒的高變異性增大了人們應對流行性感冒的難度，人們無法準確預測即將流行的病毒亞型，便不能有針對性地進行預防性疫苗接種，另一方面，每隔十數年便會發(fā)生地抗原轉變更會產生根本就沒有疫苗的流感新毒株。